Кроме того, Давыдов профессионально занимался философскими проблемами, в частности, на протяжении многих лет во вверенном ему учреждении поддерживал деятельность нескольких теоретико-методологических семинаров по фундаментальными проблемам мышления и деятельности, культурно-исторической психологии и др. Его дружба с известными философами, составлявшими идеологическую оппозицию советской педагогике — Э.В. Ильенковым, А.А. Зиновьевым, Г.П. Щедровицким и др., дала возможность поставить и во многом решить ряд фундаментальных психологических проблем относительно механизмов обучения и развития. В своих трудах В. В. Давыдов неоднократно довольно смело высказывался по поводу официальных педагогических догм. «Последней каплей» стала книга A.C. Арсеньева, Э.В. Бесчеревных, В.В. Давыдова и др. «Философско-психологические проблемы развития образования», вышедшая под редакцией В.В. Давыдова (М.: Педагогика, 1981), после выхода которой Давыдов в 1983 был исключён из партии, снят с должности директора Института общей и педагогической психологии АПН СССР и даже отстранён от работы со своей любимой экспериментальной школой № 91. Однако уже через несколько лет, в 1986, награждён премией им. Ушинского за достижения в педагогике, а позднее восстановлен в партии и в 1989 вновь назначен директором этого же института.